生物信息学

图书标准信息

• 作者 樊龙江 著
• 出版社 浙江大学出版社
• 出版时间 2017-10
• 版次 1
• ISBN 9787308171472
• 定价 98.00元
• 装帧 平装
• 开本 16开
• 纸张 胶版纸

【内容简介】

本书阅读对象为本科、研究生和从事生物学及其相关专业领域（如医学、农 

学等）科研与开发人员等，可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信 

息学专业学生和科研工作者的基础教材。本书共分为四部分：生物信息学基础 

（一篇）、高通量测序数据分析（第二篇）、生物信息学外延与交叉（第三篇）和生 

物信息学资源与实践（第四篇）。各篇内容：（1）作为生物信息学的基础篇，一 

篇包括8章内容，涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统 

发生树构建和蛋白质结构预测等。同时也涵盖了生物信息学计算机基础部分， 

包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学的 

基本概念和主要方法。（2）第二篇为高通量序列数据分析，主要针对目前第二代 

和第三代测序技术产生的核苷酸序列数据，涵盖基于高通量测序数据的基因组 

拼接、基因组变异、转录组、非编码RNA、甲基化和宏基因组等生物信息学分析原 

理和技术。（3）第三篇为生物信息学外延与交叉，介绍了与生物信息学紧密相关 

的四个生物学领域：系统生物学、群体遗传学、数量遗传学和合成生物学。（4） 

后一篇为生物信息学资源与实践篇，主要罗列了生物信息学主要相关术语、专业 

词汇、数据库和公开软件等资源，并提供了8个生物信息学实验课程内容。上述 

一篇和第四篇内容建议作为本科教学的基本内容，第二篇和第三篇可以作为 

研究生和生物信息学专业学生教学内容。

【作者简介】

樊龙江 浙江大学生物信息学研究所和作物科学研究所教授，生物信息学和作物遗传育种专业博士生导师。教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者，浙江省生物信息学学会副理事长，德国DAAD访问学者。自2000年起，直接参与浙江大学生物信息学学科筹建，为浙江大学第一批生物信息学专业导师。

【目录】

绪论 

第一节 生物信息与生物信息学 

 一、迅速增长的生物信息 

 二、生物信息学的概念 

第二节 生物信息学简史与展望 

 一、生物信息学发展简史 

 二、生物信息学技术的应用 

 三、生物信息学学科展望 

第三节 本书的组织与使用 

*第一篇 生物信息学基础 

第1-1章 生物信息类型及其产生途径 

 第一节 生物信息的类型 

 第二节 DNA测序技术 

 一、第一代测序技术 

 二、第二代测序技术 

 三、第三代测序技术 

 第三节 高通量测序技术的应用 

 一、DNA／RNA相关测序 

 二、蛋白质一DNA／RNA互作测序 

 三、甲基化／宏基因组测序 

 第四节 蛋白质序列及其结构测定 

 一、蛋白质序列与蛋白质互作测定 

 二、蛋白质结构测定 

第1-2章 分子数据库 

 第一节 分子数据库概述 

 一、分子数据库概念 

 二、数据库记录格式 

 三、数据库冗余、序列递交和检索 

 第二节 核苷酸及其相关数据库 

 一、DNA／RNA序列数据库 

 二、基因组数据库 

 三、非编码RNA数据库 

 第三节 蛋白质及其相关数据库 

 第四节 代谢途径等专业数据库 

 一、代谢途径数据库 

 二、代谢组学数据库和表型数据库 

第1-3章 两条序列联配算法及序列搜索 

 第一节 序列联配基本概念 

 第二节计分矩阵 

 一、计分矩阵的一般原理 

 二、氨基酸替换矩阵 

 三、位置特异性计分矩阵(PSSM) 

 第三节 两条序列联配算法 

 一、Needleman-Wunsch算法 

 二、Smith-WaterTnan算法 

 第四节 BLAST算法及数据库搜索 

 一、BLAST算法 

 二、利用BLAST 进行数据库序列搜索 

 三、序列相似性的统计推断 

第1-4章 多条序列联配算法及功能域分析 

 第一节 多序列联配概念及其算法 

 一、多序列联配概念 

 二、多序列全局联配算法 

 三、多序列局部联配算法 

 第二节 蛋白质序列功能域分析与模型 

 一、功能域概念 

 二、功能域模型 

 第三节 熵与信息量 

 一、不确定性与信息量 

 二、信息熵的应用 

第1-5章 基因预测与功能注释 

 第一节 基因组序列构成与基因预测 

 一、基因组序列的基本构成 

 二、基因预测及其基本方法 

 …… 

第1-6章 系统发生树构建 

第1-7章 蛋白质结构预测与药物设计 

第1-8章 生物信息学计算机基础 

*第二篇 高通量测序数据分析 

第2-1章 基因组拼接与分析 

第2-2章 基因组变异与分析 

第2-3章 转录组分析 

第2-4章 非编码RNA分析 

第2-5章 甲基化与组蛋白修饰分析 

第2-6章 宏基因组分析 

第2-7章 蛋白质组分析 

*第三篇 生物信息学外延与交叉 

第3一1章 系统生物学 

第3-2章 群体遗传学 

第3-3章 数量遗传学 

第3-4章 合成生物学 

*第四篇 生物信息学资源与实践 

第4-1章 生物信息学常用代码和关键词 

第4-2章 生物信息学数据库和在线分析工具 

第4-3章 生物信息学实验 

第4-4章 生物信息学常用英文术语及释义 

参考文献