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差异表达基因检测数据分析研究

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广东广州

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作者纪兆华

出版社北京理工大学出版社有限责任公司

ISBN9787568298469

出版时间2020-07

装帧平装

开本16开

定价48元

货号11159346

上书时间2024-12-23

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商品详情

品相描述：全新

商品描述: 作者简介
纪兆华，北京信息职业技术学院教授，吉林大学计算机科学与技术学科（生物信息学方向）博士、吉林大学信息与通信工程学科博士后、北京工业大学环境科学与工程学科博士后、中国科学院北京基因组研究所访问学者。

目录
第1章  绪论
  1.1  生物芯片概述
  1.2  基因芯片简介
    1.2.1  基因芯片的原理
    1.2.2  基因芯片的分类
    1.2.3  基因芯片的应用
  1.3  差异表达基因检测统计方法
    1.3.1  差异表达基因检测概述
    1.3.2  传统的差异表达基因检测方法
    1.3.3  其他相关的差异表达基因检测方法
  1.4  变点问题的研究
  1.5  变点理论应用于差异表达基因检测
  1.6  微阵列基因芯片数据的网络资源介绍
  1.7  基于云计算的差异表达基因检测
  1.8  小结
第2章  差异表达基因检测样本子集过表达的统计方法
  2.1  生物学背景
  2.2  差异表达基因检测统计方法介绍
    2.2.1  基于均值的差异表达基因检测方法
    2.2.2  基于中值的差异表达基因检测方法
    2.2.3  基于样本表达值特定百分比的差异表达基因检测方法
  2.3  实验与分析
    2.3.1  ROC曲线比较
    2.3.2  FDR曲线比较
    2.3.3  算法分析
  2.4  小结
第3章  TriORT差异表达基因检测统计方法
  3.1  引言
  3.2  TriORT方法
  3.3  实验与分析
    3.3.1  仿真研究
    3.3.2  真实数据研究
  3.4  小结
第4章  TriMOST差异表达基因检测统计方法
  4.1  引言
  4.2  TriMOST方法
  4.3  实验与分析
    4.3.1  仿真研究
    4.3.2  真实数据研究
  4.4  小结
第5章  差异表达基因检测统计方法在乳腺癌数据上的应用
  5.1  引言
  5.2  差异表达基因检测方法
    5.2.1  已有方法介绍
    5.2.2  TriORT方法和TriMOST方法
  5.3  实验与分析
    5.3.1  ROC曲线仿真实验
    5.3.2  FDR曲线仿真实验
    5.3.3  真实数据集实验
    5.3.4  各方法找到的与乳腺癌相关的基因分析

内容摘要
第1章绪论
细胞内的表达基因由于环境条件等因素的改变可能发生基因突变，从而发生一定的基因表达异常变化，这种基因表达的异常变化可以采用微阵列基因芯片技术进行检测。统计学中的假设检验通常可以对单基因水平的基因表达谱数据进行研究，从而进行基因的差异表达检测。差异表达基因检测的统计方法研究在生命科学、医学治疗、新药开发、农业技术等领域有着非常重要的作用，对揭示疾病发生机制、农作物基因育种等有着重要的研究意义。基因表达谱已广泛应用于癌症临床生物学的研究，在基因表达谱研究中，过高表达或过低表达统称为过表达。
1.1生物芯片概述
生物芯片是电子技术和生物技术互相结合形成的半导体芯片，是通过生物技术制作形成或者在生物技术上得以应用的微处理器1。生物芯片作为微型生物化学分析系统，可以对DNA、蛋白质、细胞等生物成分进行准确的筛选和检测，其显著特点是高通量、大规模、微型化、自动化、平行操作和快速准确。根据其在固定载体上的物质成分不同，生物芯片分为有组织芯片细胞芯片、蛋白质芯片与基因芯片。
1.2基因芯片简介
基因芯片能同时测量成千上万种基因的表达，检测特定癌症类型的异位。异位可分为两类：一类导致蛋白质融合，对细胞有异常的影响；另一类使基因的启动区转移到癌症基因完整译码区，癌症基因的表达强度变化，造成过表达，诱发癌症的发生。微阵列基因芯片实验能通过癌症异常检测来研究染色体异位，进行癌症差异表达基因检测，发现基因芯片上癌症组样本子集相对于正常组样本有过高或过低表达的基因。1.2.1基因芯片的原理基因芯片(Gene Chip)技术是前沿生物技术之一，是将DNA或互补DNA序列等按微阵列方式固定在微型载体上制成的生物芯片，又称为DNA芯片(DNA Chip)或DNA微阵列等，利用基因芯片可以快速定性和定量分析样本的基因表达谱生物信息。美国Affymetrix公司在20世纪80年代末90年代初就开展了关于基因芯片的研究[3]。基因芯片是半导体微电子技术、分子生物学技术、物理学、激光化学和计算机科学等多种学科技术的有机结合。相对于其他生物芯片而言，基因芯片的研究开发时间较早，因此技术上也很成熟，并具有快速、高通量、并行化采集处理生物信息等特点[4]，是应用非常广泛的生物芯片产品[5.6]。微阵列基因芯片数据是经过杂交的阵列形成的扫描图像，能够显示每一个点的杂交信号强度。该图像能够通过双通道荧光标记、比色标记或同位素等方法形成[7]。微阵列基因芯片实验产生的原始数据将形成基因表达矩阵(各行表示表达基因，各列表示不同的实验条件、环境等，矩阵中的数据代表反映各个基因相对表达水平的基因表达信号的强度)，基因芯片的制备流程如图1.1所示。
……

精彩内容
本书共分9章，内容包括：绪论、差异表达基因检测样本子集过表达的统计方法、TriORT差异表达基因检测统计方法、TriMOST差异表达基因检测统计方法、差异表达基因检测统计方法在乳腺癌数据上的应用、基于样本子集的差异表达基因检测方法比较、基于样本子集的乳腺癌微阵列差异表达基因检测、基于云计算技术的差异表达基因鉴定流程、总结与展望。

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