来自基因组的一些数学

图书标准信息

• 作者 郝柏林 著
• 出版社 上海科技教育出版社
• 出版时间 2015-12
• 版次 1
• ISBN 9787542863317
• 定价 42.00元
• 装帧 平装
• 开本 16开
• 纸张 胶版纸
• 页数 168页

【内容简介】

　　在当前这个大数据时代，来自生物学的数据占有相当突出的份额。这里包括DNA和蛋白质序列数据、基因表达和调控网络数据，等等。浩如烟海的生物医学文献也是一种数据。同来自其他领域的大数据不同，生物数据反映着几十亿年自然界中物竞天择、适者生存的演化过程，因而在随机和复杂的表象之下，蕴含着深刻的内涵和结构。从大量数据中揭示生物学规律，是生物信息学、计算生物学、乃至整个生物学的任务。然而，这本书不是生物信息学或计算生物学的入门，而是演示如何用粗粒化和视像化的办法考察实际生物数据、提出问题和寻求答案，这样做的过程中会自然地导致一些数学、特别是离散数学问题。这里涉及的离散数学包括图论、组合学和形式语言学的某些篇章。书中实例，多数来自作者本人与合作者近18年的研究工作。本书可以为大学高年级学生、研究生和青年教师拓宽思路起到一些启发作用。

【作者简介】

　　郝柏林，1959年毕业于苏联哈尔科夫国立大学物理数学系。曾任中国科学院物理研究所和理论物理研究所研究员。1980年当选中国科学院数理学部委员（院士），1995年当选发展中国家科学院院士。2002年以来任复旦大学理论生命科学研究中心主任。2005—2011年任美国圣菲研究所外聘教授。主要从事理论物理、计算物理、非线性科学和理论生命科学研究。曾多次获得部委级科学技术奖，1993年和2000年两次获得国家自然科学奖二等奖，2007年获得国家科技进步奖二等奖。2001年获何梁何利基金科学技术进步奖物理学奖。1997年以来从事生物信息学和理论生命科学研究。

【目录】

序言第一章  DNA测序和基因组时代1.1  发现DNA和它的遗传载体功能1.2  DNA的测序技术1.3  人类基因组计划1.4  新一代测序技术第二章  粗粒化和视像化2.1  粗粒化与符号描述2.2  香农信息论第三定理2.3  视像化2.4  DNA序列形象表示的早期工作2.4.1  DNA的混沌游戏表示2.4.2  一维和二维DNA行走2.4.3  DNA序列的Z曲线表示第三章  细菌基因组中的短串分布3.1  细菌基因组中短串分布的直方图3.2  冗余缺失串和真正的缺失串3.3  基因组序列的随机化3.4  基因组随机化后的短串分布直方图3.5  基因组序列的概率模型3.6  几种离散的概率分布3.6.1  伯努利分布3.6.2  二项式分布3.6.3  泊松分布3.6.4  几何分布3.6.5  Lander Waterman曲线3.7  基因组随机化以后短串分布的期望值曲线第四章  细菌基因组中的缺失字串4.1  阿凡提算法4.2  短核苷酸分布组成的细菌肖像4.3  K框架中的一些线条4.4  分形和分维4.5  肖像背后的分形和分维4.6  素数个位数分布的非随机性4.7  细菌肖像与DNA的混沌游戏表示4.8  细菌基因组中缺失短串可能的生物学意义第五章  GJ集团方法5.1  Goulden-Jackson集团方法5.2  集团的权重函数：产水菌5.3  集团的权重函数：大肠杆菌5.4  集团的权重函数：闪烁古生球菌5.5  马尔可夫链5.6  嵌入马尔可夫链第六章  可因式化语言的应用6.1  统计语言学和代数语言学6.2  形式语言概要6.3  乔姆斯基系统6.4  林登梅耶系统6.5  可因式化语言6.6  冗余缺失串数目的形式语言解第七章  在基因组中寻找基因7.1  cDNA和训练数据集7.2  真核生物的基因结构7.2.1  点信号7.2.2  片段信号7.3  点信号的统计描述7.4  片段信号的马尔可夫链模型7.5  点信号和片段信号的组合7.6  隐马尔可夫模型7.7  动态规划方法7.8  找基因程序的局限和缺点第八章  从细菌基因组到亲缘关系8.1  细菌的亲缘关系与分类8.2 &...
作者介绍

序言