有机配体靶向端粒DNA G-四链体的分子模拟

图书标准信息

• 作者 李锦莲 著
• 出版社 化学工业出版社
• 出版时间 2015-07
• 版次 1
• ISBN 9787122239266
• 定价 48.00元
• 装帧 平装
• 开本 16开
• 纸张 胶版纸
• 页数 118页
• 字数 120千字
• 正文语种 简体中文

【内容简介】

分子模拟技术在研究药物与靶点之间相互作用机制方面，展示了实验不可比拟的优势。本书以分子对接、分子动力学、量子化学计算等方法为研究手段，模拟了不同有机配体与平行型，反平行型和杂化型以及高阶端粒DNAG-四链体形成的复合物的动力学行为，通过讨论平衡状态时复合物的结合方式、结合自由能以及中心G-四集体的电子性质等，从分子水平深入分析了端粒DNAG-四链体沟槽的结构特征，以及不同的结构特征对配体结合的影响，为针对不同端粒DNAG-四链体沟槽的药物设计提供理论依据。

【目录】

第1章绪论1
1.1DNAG-四链体简介1
1.1.1小分子配体靶向DNAG-四链体的抗肿瘤作用机制3
1.1.2DNAG-四链体末端堆积配体3
1.1.3DNAG-四链体沟槽结合配体5
1.2药物配体与生物大分子的相互作用及选择性5
1.2.1药物配体与生物大分子的相互作用5
1.2.2药物配体与生物大分子的选择性6
1.3生物大分子计算机模拟方法7
1.3.1生物大分子的构建——同源模建方法及应用7
1.3.2分子对接方法及应用10
1.3.3分子力学和分子动力学原理与应用14
参考文献21
第2章配体与平行型DNAG-四链体沟槽相互作用的理论研究32
2.1引言32
2.2Dist-A二聚体与[d(TGGGGT)]4序列G-四链体的动力学模拟33
2.3Dist-A二聚体与[d(GGGGGG)]4序列G-四链体复合物的动力学模拟35
2.4三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质37
2.5基于平行型DNAG-四链体沟槽的药物设计39
参考文献39
第3章Dist-A及其衍生物与反平行型DNAG-四链体相互
作用的分子动力学研究41
3.1引言41
3.2Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNAG-四链体的
分子对接42
3.3Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNAG-四链体的
动力学模拟44
3.3.1动力学模拟体系44
3.3.2Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNAG-四链体
宽沟槽方向上的动力学行为44
3.3.3Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNAG-四链体
中沟槽方向上的动力学行为46
3.3.4Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNAG-四链体
窄沟槽方向上的动力学行为49
3.3.5配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响51
3.3.6MM_GBSA能量分析53
参考文献54
第4章类固醇衍生物选择性识别端粒DNAG-四链体/
B-DNA的分子动力学研究56
4.1引言56
4.2类固醇衍生物与杂化型端粒DNAG-四链体的
分子对接57
4.3SteroidFG与杂化型端粒DNAG-四链体复合物
动力学模拟58
4.4SteroidFG与B-DNA复合物动力学模拟59
4.5MM_PBSA能量计算61
4.6基于杂化型端粒DNAG-四链体沟槽的药物设计63
参考文献63
第5章浙贝碱与端粒DNAG-四链体的分子动力学研究65
5.1引言65
5.2浙贝碱与端粒DNAG-四链体的分子对接65
5.2.1配体的选择65
5.2.2端粒DNAG-四链体的选择66
5.2.3分子对接66
5.3浙贝碱与端粒DNAG-四链体的分子动力学模拟70
5.3.1复合物动力学模拟体系及模拟时间70
5.3.2浙贝碱/1NP9（1∶1）复合物的动力学模拟71
5.3.3浙贝碱/1NP9（2∶1）复合物的动力学模拟72
5.3.4浙贝碱/1KF1复合物的动力学模拟74
5.3.5浙贝碱/143D复合物的动力学模拟76
5.3.6G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响77
5.3.7G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响79
5.3.8浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能80
第6章螺旋烃M与高阶端粒DNAG-四链体的分子动力学
模拟研究82
6.1引言82
6.2螺旋烃M与不同高阶端粒DNAG-四链体的分子对接84
6.2.1螺旋烃M分子结构84
6.2.2分子对接结果84
6.3高阶端粒DNAG-四链体的分子动力学模拟85
6.3.1二阶端粒DNAG-四链体及其复合物的动力学模拟85
6.3.2三阶端粒DNAG-四链体及其复合物的动力学模拟90
6.4高阶端粒DNAG-四链体的PCA分析93
6.5高阶端粒DNAG-四链体的均方根涨落值分析94
6.6螺旋烃M对二重复单元端粒DNAG-四链体结构的影响96
6.7螺旋烃M对三重复端粒DNAG-四链体结构的影响97
参考文献99
第7章RNA适配子与NF-(BP50相互作用的分子动力学
模拟研究101
7.1引言101
7.229-ntRNA/P50复合物的分子动力学模拟102
7.2.129-ntRNA/P50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性102
7.2.2复合物结构的波动性102
7.2.3RNA和P50的静电势104
7.2.429-ntRNA与P50相互作用位点104
7.2.5P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性106
7.2.6P50单体结构的波动性106
7.2.729-ntRNA/P50复合物体系自由能107
7.3自由29-ntRNA的构象动力学模拟108
7.3.1自由29-ntRNA分子动力学模拟的轨迹稳定性108
7.3.2自由29-ntRNA结构的波动性108
7.3.3自由29-ntRNA分子动力学模拟构象109
7.3.4自由29-ntRNA螺旋参数110
7.4突变RNA的构象动力学模拟113
7.4.1突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性113
7.4.2突变RNA结构的波动性113
7.4.3突变RNA螺旋参数114
7.4.4自由29-ntRNA和突变RNA的自由能116
参考文献117