计算机辅助药物设计实验教程

图书标准信息

• 作者 罗海彬、张晨 编
• 出版社 中山大学出版社
• 出版时间 2021-12
• 版次 1
• ISBN 9787306073518
• 定价 52.00元
• 装帧 平装
• 开本 16开
• 页数 146页
• 字数 226千字

【内容简介】

本书共分为五章内容。第一章介绍定量构效关系，并针对选择性环氧合酶抑制剂开展三维定量构效关系研究实验。第二章以******受体酪氨酸激酶抑制剂为例，对基于药效团模型虚拟筛选进行了详细的讲解。第三章由七个独立的子实验组成，内容涵盖了点群计算、单电能计算、静电势表面计算等，以方便读者熟悉和掌握小分子的多种结构优化操作。第四章为分子对接，集中讲解了四种常用对接方法的实验操作，方便读者掌握不同对接方法的软件操作和结果分析。第五章以“普瑞巴林”和“MDM2-抑制剂复合物”为研究对象，对分子动力学模拟实验操作进行讲解。

【作者简介】

罗海彬，教授、博士生导师，中山大学药学院副院长，自然科学基金很好青年科学基金获得者，“珠江学者”特聘教授，重点研发计划首席科学家。主要聚焦于计算机药物设计新方和肺部炎症疾病新药研发。

【目录】

第一章  定量构效关系(QSAR)
  一、实验目的
  二、实验要求
  三、实验原理
    1  比较分子力场分析方法(CoMFA)
    2  比较分子相似性指数分析方法((CoMSIA)
  四、实验内容
    1  背景介绍
    2  实验操作
    【参考文献】
第二章  药效团模型
  一、实验目的
  二、实验要求
  三、实验原理
    1  药效团特征的种类
    2  药效团模型的构建
    3  基于药效团模型药物设计方法的应用
  四、实验内容
    1  背景介绍
    2  实验操作
    【参考文献】
第三章  结构优化
    一、实验目的
    二、实验要求
    三、实验原理
  四、实验内容
    1  构建化合物并优化结构
    2  保证水分子的C2v1点群
    3  保证Ge6的Dh对称性计算
    4  同分异构体的单点能计算
    5  静电势表面ESF(Electrostatic potential surfaces)计算
    6  观察分子振动
    7  预测红外光谱和拉曼光谱
第四章  分子对接
  一、实验目的
  二、实验要求
  三、实验原理
  四、实验内容
    1  LibDock对接方法及蛋白一配体相互作用的打分评价
    2  CDOCKER和对接姿态分析
    3  SYBYL软件的分子对接模块Smflex-Dock
    4  MOE软件的分子对接模块I)ock
    5  总结
    【参考文献】
第五章  分子动力学模拟
  一、实验目的
  二、实验要求
  三、实验原理
  四、实验内容
    1  普瑞巴林的溶剂化模型及分子动力学模拟
    2  MIDM2一抑制剂复合物的分子动力学模拟
    【参考文献】