【现货！】生物信息学 刘娟 编 高等教育出版社 9787040409758
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作者刘娟 编
出版社高等教育出版社
ISBN9787040409758
出版时间2014-12
版次1
装帧平装
开本16开
纸张胶版纸
页数297页
字数99999千字
定价38元
货号9787040409758
上书时间2024-12-04
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商品详情
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基本信息
书名:生物信息学
定价：38.00元
作者:刘娟 编
出版社：高等教育出版社
出版日期：2014-12-01
ISBN：9787040409758
字数：460000
页码：297
版次：
装帧：平装
开本：16开
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内容提要
《生物信息学》同绕目前生物信息学研究与应用的主要内容，以丰富的实例，重点介绍了相关数据库和软件的功能、应用策略和使用方法。具体内容包括：核酸与蛋白质序列数据资源、序列比较与相似序列搜索、分子系统发育分析、基因组结构注释、蛋白质结构分析、蛋白质序列分析、Microam，基因表达数据分析、蛋白质组数据分析、生物信息学在疾病相关基因与药物发现中的应用，以及生物信息导航资源。《生物信息学》试图综合介绍生物信息学研究解决的问题、基本方法、现有成果与存在的问题，特别是能使读者把握生物信息学自身的特点和分析解决问题的基本途径，使不同专业背景读者都能有一定的收获。 《生物信息学》适合作为生命科学、计算机科学等相关专业的教材使用，也可供相关科研人员参考使用。
目录
1 绪言1.1 生物信息学的发展历史1.2 本书内容简介1.3 贯穿本书的例子2 序列数据资源2.1 分子生物学数据库2.2 序列数据存储格式2.3 核酸序列数据库2.3.1 GenBank数据库2.3.2 RefSeq数据库2.3.3 EPD数据库2.4 蛋白质序列数据库2.4.1 UniProt简介2.4.2 UniProtlKB数据库2.5 基因组数据资源2.5.1 基础知识2.5.2 不同物种的基因组数据库2.5.3 人类基因组数据库2.6 数据的检索与获取2.6.1 检索工具2.6.2 获取序列数据的例子思考题3 序列比对与比对搜索3.1 基本概念3.1.1 比对序列的选择：核苷酸序列还是蛋白质序列3.1.2 同源性、相似性和一致性3.1.3 空位3.1.4 多序列比对3.2 Dayhoff模型：可接受点突变3.2.1 PAMl矩阵3.2.2 PAM250和其他PAM矩阵3.2.3 从突变概率矩阵到对数比值打分矩阵3.2.4 双序列比对中PAM矩阵的实际有用性3.2.5 PAM矩阵的重要替代者：BLOSUM打分矩阵3.2.6 双序列比对和检测限度3.3 比对算法：全局和局部3.3.1 全局序列比对：Needleman—wunsch算法3.3.2 局部比对：Smith—waterman算法3.3.3 Smith—Waterman算法的快速和启发式版本3.4 双序列比对的显著性3.4.1 双序列比对统计显著性检验3.4.2 全局比对的统计显著性3.4.3 局部比对的统计显著性3.5 局部比对搜索基本工具BLAST3.5.1 BLAST搜索的关键步骤3.5.2 BLAST算法：列表、扫描、延伸3.5.3 BLAST算法的统计学和E值3.5.4 BLAsT的各类分值3.5.5 BLAST搜索示例：应用搜索原则3.5.6 BLAsT搜索示例：多结构域蛋白的搜索3.5.7 BLAST搜索示例：改变打分矩阵3.6 寻找远缘相关的蛋白质：PSI—BLAST3.6.1 基本步骤3.6.2 PSI—BLAST的结果评估3.6.3 PSI—BLAST的错误：破坏的问题3.7 模式识别BLAST（PHI—BLAST）3.8 用BLAST来发现新基因思考题4 基因组结构注释4.1 引言4.1.1 基因及其结构4.1.2 基因结构预测概述4.2 基于EST序列数据识别基因结构4.2.1 判别基因序列的真实EST匹配的措施4.2.2 真实EsT匹配的识别流程4.2.3 确定EST对应的基因结构4.3 基因结构预测的统计学建模方法4.3.1 基于多级优化预测基因结构的基本思想4.3.2 基因结构的分级建模4.3.3 基因结构预测的动态规划算法4.3.4 基于统计学方法预测基因结构的效果4.4 基因组结构的自动注释4.4.1 Ensembl的基因组注释流程4.4.2 Ensembl自动注释结果与人工注释结果比较思考题5 分子系统发生分析5.1 分子水平的进化介绍5.1.1 问题的历史起源5.1.2 分子钟5.2 基本概念5.2.1 系统发生树的基本概念5.2.2 直系同源和旁系同源5.3 分子系统发生树的构建5.3.1 选择可供分析的序列5.3.2 多序列比对5.3.3 构建系统发生树5.3.4 方法的选取5.3.5 常用分析软件思考题6 蛋白质结构6.1 蛋白质结构6.2 蛋白质结构数据库和结构可视化6.2.1 PDB数据库6.2.2 蛋白质结构家族分类数据库6.2.3 蛋白质结构的可视化6.3 蛋白质结构分析6.3.1 蛋白质结构比对6.3.2 结构模型品质的分析6.3.3 蛋白质内部相互作用分析6.3.4 溶剂可接近表面的计算及分析6.3.5 功能位点的分析6.4 蛋白质结构预测6.4.1 蛋白质结构比较建模6.4.2 蛋白质结构从头预测方法6.4.3 二级结构预测6.4.4 结构预测的策略思考题7 蛋白质序列分析与功能预测7.1 引言7.2 功能描述7.2.1 基因本体7.2.2 利用GO术语的功能注释7.3 基于序列相似性的功能预测7.3.1 基本预测方法7.3.2 分析与讨论7.3.3 蛋白质家族与序列的相似性聚类7.4 基于蛋白质信号的功能预测7.4.1 蛋白质信号7.4.2 信号的描述7.4.3 蛋白质模体、结构域和家族数据库7.4.4 分析与讨论7.5 基于蛋白质序列特征的功能预测7.5.1 序列的理化性质7.5.2 跨膜与卷曲螺旋分析7.5.3 蛋白质翻译后修饰分析7.5.4 亚细胞定位预测7.5.5 基于序列特征的蛋白质分子功能预测7.6 功能预测的其他思路思考题8 微阵列数据分析8.1 微阵列8.1.1 微阵列实验过程8.1.2 微阵列制备8.1.3 杂交方式8.1.4 图像分析8.1.5 数据标准化8.1.6 基因表达矩阵8.1.7 基因表达数据分析8.2 数据预处理8.2.1 全局归一化8.2.2 散点分析8.2.3 数据全局归一化中的局部归一化8.3 差异表达基因的检测8.3.1 基本检验方法8.3.2 分析实例8.3.3 疾病基因表达谱差异分析8.4 微阵列数据的分类分析方法8.4.1 聚类分析8.4.2 分类分析8.5 构建基因调控网络8.5.1 基因调控网络的简单例子8.5.2 微分方程模型8.5.3 布尔网络模型8.5.4 贝叶斯网络模型8.6 微阵列数据与分析软件8.6.1 数据交换标准8.6.2 微阵列数据库8.6.3 微阵列数据分析流程8.6.4 微阵列数据分析工具思考题9 蛋白质组数据分析9.1 二维凝胶电泳数据分析9.1.1 二维凝胶电泳原理9.1.2 二维凝胶电泳数据及其应用9.2 蛋白质质谱数据分析9.2.1 质谱技术9.2.2 蛋白质的质谱分析9.3 蛋白质互作生物信息学9.3.1 亲和层析和质谱9.3.2 酵母双杂交系统9.3.3 蛋白质一蛋白质互作预测9.3.4 蛋白质相互作用数据库9.4 分析细胞通路的生物信息学方法思考题10 疾病相关研究10.1 疾病基因相关研究的概述10.2 疾病相关的数据资源10.2.1 人类在线孟德尔遗传数据库10.2.2 遗传关联数据库10.2.3 人类基因突变数据库10.2.4 癌症数据库10.2.5 单核苷酸多态性数据库10.3 疾病基因发现思考题11 SNP芯片及深度测序数据分析11.1 SNP简介11.2 结构变异11.3 SNP实验简介11.3.1 Illumina芯片11.3.2.Affymetrix芯片11.4 深度测序技术11.5 序列数据基本格式11.5.1 FASTQ11.5.2 SAM和BAM11.5.3 BED11.5.4 VCF11.6 实例数据分析11.6.1 利用深度测序发现SNV11.6.2 利用SNP芯片检测拷贝数变异思考题参考书目
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序言
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