医学知识组织

21 世纪以来，互联网技术的迅猛发展促进了信息呈指数级别发展，知识逐渐取代信息成为社会经济发展的战略性资源，科技发展进入“知识大发现”的跨界融合的新时代，医工、医理、医文交叉融合发展势不可挡。与此同时，随着生物医学信息资源飞速增长，医学知识缺乏有效组织，“知识迷航”和“知识过载”问题突出，知识获取、利用更加困难。如何实现在海量生物医学信息中对所需的有效知识进行快速、准确定位，对混乱信息进行有效序化，组织成为有用的医学知识，满足用户的知识需求，是当前医学信息资源利用的关键问题，也是当前医学信息学、卫生信息管理、情报学等相关学科的研究热点。作为复合型高级人才的医学信息学、卫生信息管理专业学生，应该掌握医学知识组织的相关理论与技能，方可适应社会的新需求。针对医学知识组织核心内容散在不同课程和教材中、不易利用的现状，在本轮规划教材中新增了教材《医学知识组织》。
内容上，本教材在继承深化“十一五”规划教材《医学信息资源建设与组织》中“文献信息组织”的同时，突破传统“知识组织即文献组织”的认知，将知识组织对象从医学文献拓展到网络信息及医学数据，力图全面体现本专业领域发展和实践，以利于学生系统学习与了解。教材主要包括：①医学知识组织理论基础；②医学知识组织目标、原则、方法与过程；③医学知识组织系统构建与服务；④医学知识处理与表示；⑤领域知识组织与知识图谱构建等。在遵循“三基”原则的基础上，本教材力求突出本领域的方法、技术和工具，全面介绍医学知识组织的基础理论、方法、原理与技术、各领域案例，以提高学生的医学知识组织素养和能力，从而培养出复合型、应用型的医疗卫生领域的专业信息管理人才。本教材兼顾理论与实用，在系统介绍医学知识组织基本理论、方法、技术的基础上，与医学各领域紧密结合，突出核心领域信息的组织方法、关键技术、典型知识组织系统及应用服务案例，以更好地指导学习实践。
为了更好地促进教与学，本教材在提供纸版教材的同时，立体化融合了相应的数字内容，提供了丰富的数字资源，以数字化手段呈现学科知识，充分发挥融合教材的特色与优势，便于教师更好地开展教学活动，学生更好地开展自学活动。
本教材密切结合医学知识组织发展与卫生信息人才培养的特点，可作为高等院校医学信息学、卫生信息管理、信息管理与信息系统、图书情报、自然语言处理、大数据、人工智能等专业的本科生及相关专业研究生教材，也可供医疗卫生信息化、数据库及系统建设人员作为参考用书使用。在本教材的编写及出版过程中，参考了国内外许多学者的研究成果和论著，得到了许多业内专家和学者的大力支持，在此表示由衷的感谢。陈颖、高曼、冀玉静、贾李蓉、李晓瑛、刘丽红、聂莹、施明毅、孙海霞、夏光辉、杨承林、张浩等为教材的编写做了许多工作，在此一并致谢。
尽管在本教材编写过程中，各位编者倾尽全力，但仍难尽人意，难免有错漏与不当之处，恳请广大师生和读者不吝指教。
钱　庆　陈先来
2022 年8 月

《医学知识组织》教材的编写内容是面向高等院校医学信息学本科生及相关专业研究生，针对现阶段医学信息特点与知识服务需求，系统介绍了医学知识组织方法、技术及其在医学各类信息、各领域中的应用。内容包括：医学组织发展与相关理论基础，医学知识组织方法与过程，医学术语、编码体系等知识组织系统，医学知识处理与表示，医学文献、数据及网络信息的组织与利用，基础、临床、药学、公共卫生、中医药等医学核心领域知识组织，以及医学知识图谱。

《医学知识组织》教材的编写内容是面向高等院校医学信息学本科生及相关专业研究生，针对现阶段医学信息特点与知识服务需求，系统介绍了医学知识组织方法、技术及其在医学各类信息、各领域中的应用。内容包括：医学组织发展与相关理论基础，医学知识组织方法与过程，医学术语、编码体系等知识组织系统，医学知识处理与表示，医学文献、数据及网络信息的组织与利用，基础、临床、药学、公共卫生、中医药等医学核心领域知识组织，以及医学知识图谱。

中国医学科学院医学信息研究所研究员、副所长，国家人口与健康科学数据平台工程技术中心主任，广电总局医学融合出版知识技术重点实验室主任，兼任中华医学会医学信息学分会主任委员、中华中医药学会中医药信息学分会副主任委员、中国科学技术情报学会技术专业委员会委员、全国信息与标准化技术委员会第四分会委员，《医学信息学杂志》主编，《中华医学图书情报杂志》副主任委员

章　绪论/ 1
节　医学知识组织基本概念 / 1
一、 知识组织概念起源 / 1
二、 医学知识组织内涵 / 3
三、 医学知识组织的意义与作用 / 3
第二节　医学知识组织内容 / 4
一、 医学知识组织对象 / 4
二、 医学知识组织内容范围 / 5
三、 医学知识组织层次 / 6
第三节　医学知识组织发展 / 7
一、 医学知识组织发展阶段 / 7
二、 医学知识组织发展特点 / 8
三、 国际学协会、学术期刊与交流平台 / 9
第二章　医学知识组织理论与方法/ 12
节　医学知识组织基本理论 / 12
一、 医学知识组织的学科基础理论 / 12
二、 有序化理论 / 15
三、 医学知识组织的其他相关理论 / 16
第二节　医学知识组织基本方法 / 17
一、 知识组织方法概述 / 17
二、 知识组织的语法学方法 / 18
三、 知识组织的语义学方法 / 20
四、 知识组织的语用学方法 / 27
第三节　医学知识组织的原则与构成要素 / 30
一、 医学知识组织原则 / 30
二、 医学知识组织构成要素 / 32
第四节　医学知识组织过程 / 33
一、 医学知识组织总体流程 / 33
二、 医学知识资源提取 / 34
三、 医学知识规范化 / 35
四、 医学知识存储 / 37
五、 医学知识推理及更新 / 38
六、 医学知识服务 / 39
第三章　医学知识组织系统：术语与编码/ 41
节　医学知识组织系统概述 / 41
一、 医学知识组织系统概念 / 41
二、 医学知识组织系统类型 / 41
三、 医学知识组织系统功能 / 43
四、 医学知识组织系统发展 / 44
第二节　医学知识组织系统内容结构 / 45
一、 医学知识组织系统宏观结构 / 45
二、 医学知识组织系统微观结构 / 47
第三节　医学知识组织系统构建与互操作 / 51
一、 医学知识组织系统构建方法 / 51
二、 医学知识组织系统构建工具 / 52
三、 医学知识组织系统构建案例 / 55
四、 医学知识组织系统互操作 / 57
第四节　医学知识组织系统服务与应用 / 59
一、 医学知识组织系统服务 / 59
二、 医学知识组织系统应用 / 60
第四章　医学知识处理与表示/ 63
节　医学知识抽取 / 63
一、 医学实体抽取 / 63
二、 医学关系抽取 / 69
第二节　医学知识表示 / 77
一、 逻辑表示法 / 77
二、 产生式规则表示法 / 79
三、 语义网表示法 / 81
四、 框架表示法 / 84
第三节　医学知识融合 / 86
一、 数据层知识融合 / 87
二、 概念层知识融合 / 89
三、 跨语言知识融合 / 91
第五章　医学知识图谱/ 94
节　知识图谱概述 / 94
一、 知识图谱及相关概念 / 94
二、 知识图谱发展脉络 / 96
三、 医学知识图谱及其主要应用场景 / 96
第二节　知识图谱的构建 / 97
一、 知识图谱的逻辑结构 / 97
二、 知识图谱的构建方式 / 98
三、 知识图谱构建的主要流程 / 98
四、 知识图谱质量评估 / 98
五、 知识图谱的存储 / 99
第三节　医学知识图谱系统案例 / 99
一、 中文医学知识图谱 / 99
二、 基于指南的非小细胞肺癌知识图谱 / 100
三、 罕见病知识图谱诊断模型 / 103
四、 医学百科知识图谱 / 106
第六章　医学文献组织/ 108
节　医学文献组织概述 / 108
一、 医学文献组织的内容 / 108
二、 医学文献组织的发展趋势 / 109
第二节　医学文献描述 / 109
一、 文献描述的元数据方案 / 109
二、 机读目录 / 110
三、 都柏林核心元数据 / 113
第三节　医学文献分类标引 / 114
一、 中国图书馆分类法 / 115
二、 中国图书馆分类法·医学专业分类表 / 116
三、 分类标引的方法与原则 / 118
第四节　医学文献主题标引 / 119
一、 医学主题词表 / 119
二、 一体化语言系统 / 122
三、 主题标引的方法与原则 / 123
第五节　医学文献组织应用案例 / 124
一、 PubMed / 124
二、 中国生物医学文献服务系统 / 126
第七章　医学数据组织/ 128
节　医学数据及其组织概述 / 128
一、 医学数据的产生 / 128
二、 医学数据的特点和类型 / 129
三、 医学数据组织的目的和要求 / 131
第二节　医学数据组织过程 / 132
一、 数据收集 / 132
二、 数据预处理 / 133
三、 加工整理 / 135
四、 数据存储 / 139
第三节　医学数据组织技术 / 140
一、 数据仓库 / 140
二、 语义网 / 142
三、 机器学习与深度学习 / 144
四、 医学数据可视化 / 145
第四节　医学数据组织案例 / 146
一、 重症监护医学数据库 / 146
二、 生物医学领域语义数据集成平台 / 148
三、 人口健康数据仓储 / 149
第八章　网络医学信息组织/ 152
节　网络医学信息概述 / 152
一、 网络医学信息的类型及特点 / 152
二、 网络医学信息描述 / 153
三、 网络医学信息的存储方式 / 154
四、 网络医学信息的传输与交换 / 154
第二节　网络医学信息组织方式 / 155
一、 网络医学信息组织概述 / 155
二、 网络知识组织系统 / 156
三、 搜索引擎 / 156
第三节　网络医学信息组织技术 / 160
一、 索引技术 / 160
二、 网页排序算法 / 160
三、 推荐算法 / 161
四、 网络医学知识映射和聚合 / 162
第四节　网络医学信息组织应用案例 / 163
一、 健康在线基金会医学网站 / 163
二、 智能问答系统 / 164
第九章　基础医学知识组织/ 167
节　基础医学领域资源及特征 / 167
一、 生物信息资源 / 167
二、 解剖与病理数据资源 / 169
三、 生理与生化数据资源 / 170
四、 医学微生物数据资源 / 171
第二节　典型基础医学知识组织系统 / 171
一、 美国国家生物技术信息中心分类法 / 172
二、 基因本体 / 172
三、 人类基因组织基因命名表 / 173
四、 人类表型本体 / 173
五、 解剖学基础模型本体 / 174
第三节　基础医学领域知识组织应用 / 175
一、 GenBank 数据库 / 175
二、 组学原始数据归档库 / 176
三、 UniProt 数据库 / 178
第十章　临床医学知识组织/ 181
节　临床医学信息资源及特征 / 181
一、 临床医学信息资源概述 / 181
二、 典型临床医学信息资源 / 182
第二节　信息标准与典型临床医学知识组织系统 / 185
一、 电子病历基本数据集与共享文档规范 / 186
二、 医疗信息交换与互操作标准 / 187
三、 医学数字成像和通信 / 189
四、 国际疾病分类表 / 190
五、 观测指标标识符逻辑命名与编码系统 / 191
六、 系统化临床医学术语集 / 192
第三节　临床知识组织应用实践 / 193
一、 临床知识服务系统总体框架 / 193
二、 临床数据治理 / 194
三、 临床案例知识库 / 197
四、 临床决策支持系统 / 200
第十一章　药学知识组织/ 203
节　药学信息资源及特征 / 203
一、 药物研发与监管信息 / 203
二、 药物生产与流通信息 / 204
三、 临床用药与智能用药信息 / 205
第二节　典型药学知识组织系统 / 207
一、 中国药典 / 207
二、 词典 / 209
三、 术语表 / 212
第三节　药学领域知识组织应用 / 215
一、 药物数据库DrugBank / 216
二、 美国食品药品监督管理局不良事件报告系统 / 217
第十二章　公共卫生领域知识组织/ 219
节　公共卫生信息资源及特征 / 219
一、 公共卫生信息资源概述 / 219
二、 主要的公共卫生业务信息资源 / 220
第二节　典型的公共卫生知识组织系统 / 223
一、 中国公共卫生信息分类与编码体系 / 223
二、 电子健康档案基本数据集标准 / 226
三、 人口健康科学数据共享数据集分类与编码标准 / 228
四、 MedlinePlus 健康主题词表 / 230
第三节　公共卫生领域知识组织应用 / 231
一、 中国疾病预防控制中心数据资源平台 / 231
二、 中国公共卫生科学数据中心数据资源平台 / 233
三、 美国国家环境卫生中心数据资源系统 / 235
第十三章　中医药领域知识组织/ 238
节　中医药信息资源及特征 / 238
一、 中医领域 / 238
二、 中药领域 / 239
三、 针灸领域 / 240
四、 中医古籍 / 241
第二节　中医药信息标准 / 242
一、 中医药数据标准 / 242
二、 中医药术语系统分类标准 / 244
三、 中药编码系统系列标准 / 247
四、 针灸语义范畴结构标准 / 248
五、 中医古籍相关标准 / 249
第三节　典型的中医药知识组织系统 / 250
一、 中医药学语言系统 / 250
二、 中医临床术语系统 / 251
三、 中医药学主题词表 / 253
四、 中医古籍后控词表 / 254
第四节　中医药领域知识组织应用 / 254
一、 中国中医药期刊文献数据库 / 255
二、 国医典藏古籍文献资源库 / 256
三、 中医药语义百科系统 / 258
四、 中医药智能问答系统 / 260
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中英文名词对照索引/ 265

《医学知识组织》教材的编写内容是面向高等院校医学信息学本科生及相关专业研究生，针对现阶段医学信息特点与知识服务需求，系统介绍了医学知识组织方法、技术及其在医学各类信息、各领域中的应用。内容包括：医学组织发展与相关理论基础，医学知识组织方法与过程，医学术语、编码体系等知识组织系统，医学知识处理与表示，医学文献、数据及网络信息的组织与利用，基础、临床、药学、公共卫生、中医药等医学核心领域知识组织，以及医学知识图谱。

中国医学科学院医学信息研究所研究员、副所长，国家人口与健康科学数据平台工程技术中心主任，广电总局医学融合出版知识技术重点实验室主任，兼任中华医学会医学信息学分会主任委员、中华中医药学会中医药信息学分会副主任委员、中国科学技术情报学会技术专业委员会委员、全国信息与标准化技术委员会第四分会委员，《医学信息学杂志》主编，《中华医学图书情报杂志》副主任委员