骆驼基因组学研究
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作者吴慧光
出版社中国农业科学技术出版社
ISBN9787511636416
出版时间2016-12
装帧平装
开本16开
定价48元
货号1201838329
上书时间2024-09-03
商品详情
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作者简介
吴慧光，男，1980年生，博士，现美国俄亥俄州立大学博士后，主要从事阿拉善双峰驼基因组学研究。主持重量项目1项，省级项目2项，校级项目2项，参加项目多项。发表论文多篇，其中作者发表《NatureCommunication》1篇。获得市级奖励2项，校级奖励2项。
目录
章引言11研究背景和意义12国内外研究进展121骆驼科动物的进化122现存骆驼科动物的生物学特性123生物信息学及其发展历史124基因组测序技术13研究内容第2章骆驼科动物全基因组序列的测序与组装21材料与方法211试验材料212DNA提取及检测213基因组测序214测序数据过滤215K-mer分析估计基因组大小216小片段数据纠错217骆驼科动物基因组的组装218骆驼科动物基因组的测序效果评价22 结果与分析221DNA样品检测结果222基因组测序结果223测序数据过滤结果224K-mer分析估计基因组大小的结果225小片段数据纠错的结果2263个骆驼科动物基因组的组装结果2273个骆驼科动物基因组的组装后基因组分析23讨论231测序物种的选择232测序平台与策略233基因组大小的估计234基因组的组装指标24本章小结第3章骆驼科动物的基因组注释31材料与方法311试验材料312重复序列注释 313基因预测314功能注释315ncRNA注释316基因集评估317直系同源关系分析32结果与分析321重复序列注释统计结果322基因预测统计结果323功能注释统计结果324ncRNA注释统计结果325基因集评估统计结果326直系同源关系分析结果33讨论331骆驼科动物基因组重复序列的注释332骆驼科动物基因组基因结构的预测333骆驼科动物基因组基因功能和非编码RNA的注释34本章小结第4章骆驼科动物基因组进化分析41材料与方法411试验材料412共线性鉴定413片段复制分析414基因家族聚类分析415物种进化树的构建416物种分歧时间的计算417分支特异性Ka/Ks率计算418SNP判读和分布比较分析419群体历史重建42结果与分析421共线性鉴定结果422片段复制分析结果423基因家族聚类分析结果424物种进化树的构建结果425物种分歧时间的计算结果426分支特异性Ka/Ks率计算结果427SNP判读和分布比较分析结果428群体历史重建结果43讨论431骆驼科动物基因组的共线性与片段复制432骆驼科动物进化关系和分歧时间推算433骆驼科动物的选择压力434骆驼科动物的群体历史规模的变化44本章小结第5章骆驼沙漠适应性的比较基因组学分析51材料与方法511试验材料512基因家族收缩扩张分析513正选择分析514包含特异氨基酸变异的蛋白筛查515基因获得和缺失516快速进化52结果与分析521基因家族收缩扩张分析结果522正选择分析结果523包含特异氨基酸变异的蛋白筛查结果524基因获得和缺失结果525快速进化基因结果53讨论531骆驼能量代谢532骆驼应激能力533骆驼对沙尘和日照的适应性534骆驼对缺水的适应性54本章小结第6章双峰驼肾脏的转录组分析61材料与方法611试验材料及试验处理612RNA提取及检测613RNA样品处理与测序614转录组数据过滤615基因表达水平计算616差异表达基因筛选617差异表达基因的GO功能显著性富集分析618差异表达基因的通路显著性富集分析62结果与分析621RNA提取检测结果622转录组测序的碱基组成和碱基质量分析结果623双峰驼肾脏转录组基本分析结果624双峰驼肾脏转录组基因表达注释结果625双峰驼肾脏转录组基因差异表达分析结果626双峰驼肾脏转录组差异表达基因的GO分析结果627双峰驼肾脏转录组差异表达基因的通路富集分析结果63讨论631骆驼肾脏钠重吸收相关基因的转录特点632骆驼肾脏水孔蛋白基因家族转录特点633骆驼肾脏的高渗调节特点634骆驼肾髓质有机适应性渗透物的调节635骆驼肾髓质的渗透调节与血糖636骆驼肾髓质的渗透保护64本章小结第7章全书总结71全书结论72研究创新点73有待进一步研究的内容731基因组组装版本的更新732基因组注释工作的完善733骆驼科动物进化基因的研究734骆驼肾脏生理的分子和细胞学研究缩略词表附录参考文献
内容摘要
阿拉善双峰驼基因组学研究一书重点介绍了阿拉善双峰驼饲养特点，从阿拉善双峰驼基因组和宏基因组不同的研究方法角度，分析阿拉善双峰驼基因组和第二基因组的特点，为实现阿拉善双峰驼遗传资源的开发提供理论指导。
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精彩内容
前言骆驼是大型的沙漠适应性哺乳动物，在干旱地区的畜牧业经济中占有重要地位。骆驼基因组上保存有抗逆相关的优良遗传资源，有着极其重要的科研和育种价值。目前世界上已经形成了以优秀的物种资源为研究基础，以功能基因开发利用为技术核心，以培育优良品种为高利润产品的生物产业模式。基因组测序技术的进步和测序成本的降低为人们获得物种的全基因组序列提供了条件。开展动物基因组学研究，揭示动物之间的进化关系，发掘动物优异基因资源，实施分子育种已经成为目前动物科学及畜牧业的重要研究前沿领域。本书共分7个章节，包括国内外研究现状，骆驼科动物全基因组序列的测序与组装，骆驼科动物基因组的注释，骆驼科动物基因组的进化分析，骆驼沙漠适应性的比较基因组学分析，双峰驼肾脏的转录组学分析等内容。全面系统地介绍了阿拉善双峰驼、阿拉伯单峰驼和羊驼三个骆驼科动物的基因组测序组装结果和基因注释结果；从分歧的遗传原因、分歧时间和种群历史变化三个方面系统地揭示了这三个骆驼科动物的进化史；证实了骆驼科动物通过其特有的加速进化以适应干旱、高原等不利的环境。揭示了长期限水条件下，骆驼低能量消费的经济模式以及骆驼肾脏在水分保持上进化出的特殊补偿机制。对双峰驼、单峰驼和羊驼进行全基因组测序、组装、注释和进化研究，为揭示骆驼科动物的进化历史及骆驼的沙漠适应性，开发骆驼优秀种质资源奠定基础。本书由国家自然科学基因项目(31402106，31660648)、内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZC16189) 以及内蒙古民族大学博士科研启动基金（BS364）资助。由于作者水平有限，书中疏漏或不妥之处在所难免，恳请同行和读者批评指正。著者201811
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