R语言与Bioconductor生物信息学应用
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四川成都
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作者高山，欧剑虹，肖凯 主编
出版社天津科技翻译出版公司
ISBN9787543333604
出版时间2014-01
装帧平装
开本16开
定价58元
货号23425380
上书时间2024-12-17
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![【全新】 中华人民共和国区域地质调查报告:尼玛区幅(H45C001003):比例尺:1:250000 卢书炜[等]报告编写 中国地质大学出版社 9787562525059](https://www0.kfzimg.com/sw/kfz-cos/kfzimg/fbfbeaab/15a521833c1a023e_s.jpg)
商品详情
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前言
2013年“华彩”的事件莫过于6月的“棱镜门”。据称，美国政府窃听的范围可以触及每一个机构和家庭。这些在笔者看来无非是媒体的炒作，只能作为茶余饭后的谈资而已。而从数据处理角度来看，即使美国政府有钱有技术，能够收集和存储人类社会所有的通信信息，那么它也绝无能力处理这些信息，哪怕只有1%，更别提形成有价值的情报。理由很简单，因为我们进入了“大数据”时代。暂且不说窃听得到的信息，就算现有公开数据库中的数据又有多少得到了有效利用。生物信息就是名副其实的“大数据”领域，特别是当前，下一代测序主导的基因组学每天带来数以“T”计的海量数据，远远超出了现有的数据处理能力。为此，研究人员开发了一些计算机语言或工具（如基于R语言的Bioconductor项目），可以高效地处理这些数据。因此，如何提供有效的培训，出版好的教材，让数据分析人员快速掌握这些语言和工具，已成为“大数据”时代一个非常重要的课题。
本书的几位作者在考察了国内外同类书籍后发现，市场上大部分此类教材或者参考书容易走向两个：一是过分偏重理论，讲了很多非常基本的东西，但是没有联系到当前的实际应用，从理论到算法，到程序，乃至应用，这些连接部都是一大片空白，留给学生自己去摸索，会让他们难以理解，进而无法深刻掌握所学知识；二是闭门造车式地应用，有些所谓“应用”或者“实战”类书籍，造出一些根本不存在的“应用”举例，既不讲明这么做的目的，也没有实际项目的背景知识，让读者越学越是一头雾水，学到的东西越多，越不知道干什么用、该怎么用。
在生物信息数据分析领域，如果能够编写这样一种书，从实际课题（数据和结果都已经公开发表）出发，提出解决这个问题的思路，结合用到的原理或基础知识，但更偏重整个解决问题的框架和流程，选用一种简单易学但功能强大的语言，把讲解延伸到具体程序代码，让读者百分之百经历整个课题研究过程，学会分析并解决问题。那么可以肯定地说，这个学习的印象是深刻的，并真正能把所学知识转化为自己的技能。这样的学习过程更加“实例化”，更符合学习者的习惯，而不是编书者的习惯。多年的实际工作经验告诉我们，与计算机语言有关的学习，必须结合实际项目，动手与动脑同等重要，而结合SCI文章中的具体研究是本书的个特点。
本书的几位作者根据数据分析（特别是生物信息方面）领域多年的工作经验，细心整理了部分工作内容和程序代码，将R语言和Bioconductor尽可能详尽但又不泛泛地介绍给读者。由于本书的编写思路和风格是全新的，也是一种尝试，再加上作者水平有限，时间紧迫（国内读者催书），书内错误在所难免。不过，我们的编写思路是典型的“Made in China”原则，有个质量差的能满足需要总比没有好。只要能够有益读者，挨骂也在所不惜。本书可作为高年级本科生和研一学生的生物信息教材配套读物，亦可作为计算机和数据分析领域的参考书。
本书的第二个特点就是“所见即所得”，本书涉及的全部源代码都可以通过“拷贝”和“粘贴”来运行，并得到书中同样的结果，使程序处理的每一个步骤都在读者的掌控之中。
本书的第三个特点就是所有作者都是通过互联网认识（此前互不认识），并一起合作进行创作的。希望能够由此启发国内其他领域的专家也能充分利用网络的力量，集中优势，编写一些更好的教材。下面是主要作者简介。
高山，男，1977年出生，1995年考入国防科技大学电子工程学院，后转入生物信息领域，2010年毕业于南开大学生命科学学院，取得生物信息学博士学位。留美期间主要科研工作在美国堪萨斯大学结构生物学中心和康奈尔大学BTI植物研究所（Boyce Thompson Institute for Plant Research）完成。2013年通过天津市第八批“千人计划”（青年项目）进入天津大学工作。
欧剑虹，男，1979年出生，1997年考入武汉大学学习微生物专业，后进入日本大阪大学，2009年毕业于大阪大学，取得信息科学与技术博士学位。2011年进入麻省州立大学医学院从事生物信息研究工作。
肖凯，男，1977年出生，职业数据分析师，“数据科学与R语言”博客博主，现供职于SupStat统计咨询公司，专注于R语言与大数据挖掘方面的研究。
施劲松，男，1982年出生，2000年考入南京大学生命科学学院，后考入第二军医大学，取得生理学博士学位。2012年进入南京军区南京总医院肾脏病研究所，主要研究方向是结合临床的组学数据分析。
杭兴宜，男，1981年出生，2003年于解放军军医大学生物医学工程系取得学士学位，2009年于解放军军事医学科学院取得生物信息学博士学位，2013年于解放军总医院临床医学流动站博士后出站。主要研究方向为高通量组学数据整合和数据挖掘、转化医学数据资源建设等。
胡朝阳，男，1983年出生，2007年于华中科技大学同济医学院取得学士学位，2012年于复旦大学取得博士学位。现供职于杭州市肿瘤医院肿瘤研究所，主要从事整合多组学的高通量药物筛选研究。
宫秀军，男，1972年出生，2002年于中国科学院计算技术研究所取得计算机软件与理论方向工学博士学位。2002—2003年分别在新加坡国立大学和新加坡Institute for Inforcomm Research (I2R)做博士后和访问学者。2003—2006年就职于日本奈良先端科学技术大学院大学。2006年5月回国，进入天津大学，现为计算机科学与技术学院副教授。研究方向主要包括数据挖掘、复杂信息系统集成和生物信息学。
吕红，女，1978年出生，1998年考入哈尔滨工业大学航天学院，取得工学硕士学位。2006年进入天津职业技术师范大学电子工程学院工作，主要研究方向为通信信号处理、通信网和移动通信技术。
本书的其他作者包括青岛市市立医院的钊守凤（1972年出生，女）、中科院病毒所的刘海舟（1976年出生，男）、昆明理工大学的焦建宇（1991年出生，男）、华南师范大学的游宇星（1988年出生，男）和美国凯斯西储大学医学院的管栋印（1983年出生，男）。另外，参与校对工作的人员有沈阳农业大学的齐明芳副教授、广东省农业科学研究院的贝锦龙助理研究员、山东师范大学的公茂磊、河南农业大学的杨海玉、中国农业大学的张媛媛、华中农业大学的易坚、重庆大学的李勃、浙江大学的吴三玲、中科院病毒所的叶彦波、美国伊利诺伊大学香槟分校的张洋和美国得州学院的董川。东南大学的谢建明副教授、暨南大学的许忠能副教授和中国农业科学院甘薯所的曹清河副研究员也对本书提出了宝贵意见。本书的封面设计原始创意来自北京市理化分析测试中心的苏晓星和延边大学的李广。
首先，感谢BTI植物研究所的费章君副教授在我博士后期间的指导以及费章君实验室的毛林勇、郑轶、包衎和孙宏贺等各位同事的帮助。费老师是我在第二代测序方面研究的领路人，不仅在专业上给我多方面指导，而且在学术研究等其他方面也使我得到很多训练。本书在第二代测序方面的一些思路和经验有些来自于费老师实验室各成员的讨论。
其次，感谢我的博士生导师南开大学生命科学学院的张涛和数学学院的阮吉寿教授对我的长期支持，并作为我的坚强后盾；感谢国家人口与健康科学数据共享平台的支持；特别感谢天津大学计算机科学与技术学院前院长孙济洲教授和院长党建武教授对我回国工作的热情帮助，以及天津市委组织部和天津大学在人才引进方面的积极服务。后，感谢堪萨斯大学徐亮副教授提供了第五章5.7部分的芯片数据，加利福尼亚大学助理教授Thomas Girke提供了第二章内容的部分源代码。本书的资助来自天津市认知计算与应用重点实验室的国家自然科学基金重点项目“语音产生过程的神经生理建模与控制”（F030404）。本书在编写过程中，还得到了我国肾脏病专家、中国工程院院士刘志红教授的关怀和帮助，在此也一并表示感谢。
本书的第四个特点就是写书过程中不断通过QQ群征询本领域研究人员的意见，动态交流，其间对内容进行了多次修改，而且本书的售后服务和答疑也将通过QQ群160685613进行
导语摘要
《R语言与Bioconductor生物信息学应用》既是一本R语言的书，又是一本生物信息学的书，从实际课题及如何解决问题的思路出发，结合基础知识，偏重解决问题的流程，选用简单但功能强大的R语言，把讲解延伸到具体程序代码，让读者经历整个课题研究过程，学会分析并解决问题，从而加深学习印象，并真正把所学知识转化为技能。
作者简介
高山，天津大学计算机科学与技术学院副教授。1995年考入国防科技大学电子工程学院，后转入生物信息领域，2010年毕业于南开大学生命科学学院，取得生物信息学博士学位。留美期间主要科研工作是在美国堪萨斯大学结构生物学中心和康奈尔大学BTI植物研究所完成。2013年通过天津市第八批“千人计划”青年项目）进入天津大学工作。欧剑虹，1997年考入武汉大学微生物专业学习，后进入日本大阪大学学习，2009年毕业于大阪大学，取得信息科学与技术博士学位。2011年进入麻省州立大学医学院从事生物信息研究工作。肖凯，职业数据分析师，“数据科学与R语言”博客博主，现供职于SupStat统计咨询公司，专注于R语言与大数据挖掘方面的研究。
目录
第一章 R基础知识
1.1 什么是R
1.2 R的下载与安装
1.3 R语言快速入门
1.4 一些简单的语法知识
1.5 本章源代码详解及小结
第二章 生物信息学基础知识
2.1 中心法则——生物信息流
2.2 测序与序列分析
2.3 基因表达分析
2.4 注释、统计与可视化
第三章 R在生物信息学中的简单应用
3.1 一个序列分析课题
3.2 用R包（非Bioconductor）实现课题
3.3 用R包（Bioconductor）再实现课题（方法一）
3.4 用R包（Bioconductor）再实现课题（方法二）
第四章 Bioconductor简介
4.1 什么是Bioconductor
4.2 Bioconductor的分类介绍
4.3 从R到Bioconductor的跨越
第五章 Bioconductor分析基因芯片数据
5.1 快速入门
5.2 基因芯片基础知识
5.3 基因芯片数据预处理
5.4 基因芯片数据分析
5.5 芯片处理实际课题一
5.6 芯片处理实际课题二
5.7 芯片处理实际课题三
第六章 Bioconductor分析RNA-seq数据
6.1 示例课题介绍
6.2 高通量测序基础知识
6.3 RNA-seq技术的特点
6.4 RNA-seq数据预处理
6.5 RNA-seq数据分析
第七章 R的高级语法与如何创建R包
7.1 R的高级语法
7.2 创建及发布自己的R/Bioconductor包
7.3 R包结构
附录A 进一步学习的资源
附录B R常用函数
附录C R的内存管理和帮助系统
内容摘要
《R语言与Bioconductor生物信息学应用》既是一本R语言的书，又是一本生物信息学的书，从实际课题及如何解决问题的思路出发，结合基础知识，偏重解决问题的流程，选用简单但功能强大的R语言，把讲解延伸到具体程序代码，让读者经历整个课题研究过程，学会分析并解决问题，从而加深学习印象，并真正把所学知识转化为技能。
主编推荐
高山，天津大学计算机科学与技术学院副教授。1995年考入国防科技大学电子工程学院，后转入生物信息领域，2010年毕业于南开大学生命科学学院，取得生物信息学博士学位。留美期间主要科研工作是在美国堪萨斯大学结构生物学中心和康奈尔大学BTI植物研究所完成。2013年通过天津市第八批“千人计划”青年项目）进入天津大学工作。欧剑虹，1997年考入武汉大学微生物专业学习，后进入日本大阪大学学习，2009年毕业于大阪大学，取得信息科学与技术博士学位。2011年进入麻省州立大学医学院从事生物信息研究工作。肖凯，职业数据分析师，“数据科学与R语言”博客博主，现供职于SupStat统计咨询公司，专注于R语言与大数据挖掘方面的研究。
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