深度测序数据的生物信息学分析及实例
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作者沈百荣
出版社科学出版社
ISBN9787030545800
出版时间2024-07
装帧平装
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定价88元
货号25170018
上书时间2024-10-27
商品详情
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导语摘要
本书几乎涵盖了深度测序数据分析及应用的各个方面，适用于从事深度测序数据分析研究的技术人员和学者。在本书中，不仅可以了解到深度测序技术应用的领域，还可以通过具体实例，了解到不同软件的相关算法、原理及使用方法，以帮助选择适合自身研究和应用所需要的深度测序数据分析的解决方案。
商品简介本书几乎涵盖了深度测序数据分析及应用的各个方面，适用于从事深度测序数据分析研究的技术人员和学者。在本书中，不仅可以了解到深度测序技术应用的领域，还可以通过具体实例，了解到不同软件的相关算法、原理及使用方法，以帮助选择适合自身研究和应用所需要的深度测序数据分析的解决方案。
目录
前言
1深度测序技术与生物信息学
1.1深度测序的常用平台
1.1.1Illumina测序系统
1.1.2Roche454测序仪
1.1.3Applied Biosystems SOLD测序仪
1.1.4Pac Bio RSII单分子测序
1.1.5Ion PGM和Proton半导体测序仪
1.2深度测序技术对生物医学研究和社会的影响
1.2.1生物医学大数据与生物医学研究范式的改变
1.2.2深度测序技术对经济市场的影响
1.2.3深度测序技术对社会的影响
1.3深度测序数据处理的挑战
1.3.1数据存取方面的挑战
1.3.2计算技术方面的挑战
1.3.3数据应用方面的挑战
1.3.4人才缺失与跨学科人才教育的挑战
1.4常见的软件和分析平台介绍
1.4.1生物信息学杂志特刊中的软件及其分类
1.4.2R与Bioconductor软件平台
参考文献
2深度测序相关数据库和数据格式
2.1深度测序相关的数据库
2.2深度测序相关的数据格式
2.2.1序列与质量分数相关格式
2.2.2序列比对的相关格式
2.2.3序列组装的相关格式
2.2.4突变的相关格式
2.2.5序列注释及可视化的相关格式
2.3格式转换
2.3.1数据格式转换软件NGS Fomat Convener
2.3.2NGS Format Converter的安装与应用
参考文献
3碱基识别
3.1深度测序碱基识别简介
3.2Illumina平台碱基识别软件
参考文献
4基因组序列比对
4.1短序列片段比对软件的发展
4.1.1深度测序技术带来的机遇
4.1.2深度测序数据带来的比对定位瓶颈
4.2深度测序片段比对软件的比较
4.2.1深度测序片段比对软件
4.2.2深度测序片段比对定位软件算法比较
4.2.3比对定位软件性能比较
4.2.4比对定位软件评价
4.3深度测序片段比对软件实例演示
4.4展望
参考文献
5小片段序列组装
5.1问题阐述：小片段序列组装
5.1.1小片段组装类型
5.1.2当前组装过程的挑战
5.1.3小片段组装过程的意义
5.2组装策略：如何将小片段组装成重叠群
5.2.1基因组序列的组装
5.2.2转录组序列的组装
5.3算法评价：如何选取一个合适的组装软件
5.3.1基因组组装软件的选择
5.3.2转录组组装软件的选择
5.4程序示例：如何执行一个片段组装过程
5.4.1基因组测序数据的组装
5.4.2转录组测序数据的组装
5.5总结和展望：组装算法何去何从
参考文献
6染色质免疫共沉淀测序数据分析
6.1ChIP—Seq简介
6.1.1ChIP—Seq的出现
6.1.2ChIP—Seq的基本实验流程
6.1.3影响ChIP—Seq实验成功的因素
6.2ChIP—Seq数据计算分析
6.2.1碱基识别
6.2.2定位到基因组
6.2.3富集区域的鉴定
6.2.4其他下游分析
6.3Peak Calling算法比较
6.4ChIP—Seq数据分析应用实例
6.4.1峰的寻找
6.4.2基因关联
6.4.3Motif发现
6.4.4注释分析
6.4.5可视化
6.5ChIP—Seq软件的改进和发展方向
参考文献
7转录组测序数据分析
7.1RNA—Seq简介
7.2RNA—Seq技术的应用
7.3RNA—Seq数据处理与软件
7.3.1概述
7.3.2剪接位点预测软件
7.3.3基因表达水平分析软件
7.3.4综合性分析软件
7.4软件安装与使用
7.4.1选择性剪接软件
7.4.2基因表达水平分析软件
7.4.3综合性分析软件
7.5展望
参考文献
8micro RNA—Seq数据分析
8.1micro RNA简介
8.2深度测序与micro RNA—Seq技术
8.2.1概述
8.2.2micro RNA—Seq实验流程
8.2.3micro RNA—Seq数据处理
8.3micro RNA—Seq数据分析软件
8.3.1概述
8.3.2本地分析软件
8.3.3在线分析软件
8.4软件性能比较
8.4.1测试数据与环境配置
8.4.2运行时间比较
8.4.3敏感度与准确度比较
8.4.4新的mi RNA预测
参考文献
9变异检测
9.1引言
9.2基因组多态性
9.3变异的类型及其检测
9.3.1SNP
9.3.2结构变异
9.4变异检测软件实例
9.4.1Genome Analysis Toolkit简介
9.4.2Genome Analysis Toolkit安装
9.4.3Genome Analysis Toolkit使用
9.5展望
参考文献
10单细胞测序数据分析
10.1单细胞测序技术的简要发展历程
10.2单细胞测序的技术实现及主要分类
10.2.1常用单细胞分离的技术
10.2.2单细胞基因组测序技术
10.2.3单细胞转录组测序技术
10.2.4单细胞表观遗传组测序技术
10.3单细胞测序的技术应用
10.3.1单细胞测序技术在癌症生物中的应用
10.3.2单细胞测序技术在发育生物中的应用
10.3.3单细胞测序技术在微生物学研究中的应用
10.3.4单细胞测序技术的临床应用前景
10.4单细胞测序技术的数据分析实例
10.4.1输入数据以及数据分析工具介绍
10.4.2数据的读入与归一化
10.4.3根据归一化后的数据鉴定样本中高度差异表达的基因
10.5单细胞测序技术的未来发展趋势
参考文献
11深度测序的数据可视化软件
11.1数据可视化技术的生物问题和应用背景
11.1.1生物问题
11.1.2应用背景
11.2数据可视化相关软件介绍和比较
11.2.1基于网络的可视化浏览器
11.2.2基于本地平台的可视化软件
11.3软件示例
11.3.1Savant安装
11.3.2Savant运行实例
参考文献
内容摘要
本书几乎涵盖了深度测序数据分析及应用的各个方面，适用于从事深度测序数据分析研究的技术人员和学者。在本书中，不仅可以了解到深度测序技术应用的领域，还可以通过具体实例，了解到不同软件的相关算法、原理及使用方法，以帮助选择适合自身研究和应用所需要的深度测序数据分析的解决方案。
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