软物质的分子建模与模拟(精)/软物质前沿科学丛书 生物科学 周昕，王延颋等
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作者周昕，王延颋等
出版社龙门书局
ISBN9787508860206
出版时间2021-06
版次1
装帧平装
开本16
字数200千字
定价98元
货号xhwx_1202409645
上书时间2024-10-29
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目录：
目录
丛书序
前言
章 绪论 1
1.1 软物质的定义和特征 1
1.2 软物质模型和模拟 2
1.3 增强抽样和加速模拟 4
1.4 结 6
第 2 章 热力学与统计物理概要 7
2.1 宏观体系与微观态系综 7
2.1.1 微正则系综 8
2.1.2 正则系综 9
2.1.3 系综等价 10
2.2 模型系统 11
2.2.1 理想气体 11
2.2.2 真实气体 13
2.2.3 标准溶液模型 14
第 3 章 概要 15
3.1 的出发点 16
3.2 born-oppenheimer 近似 16
3.3 密度泛函方法.18
3.4 dft 算法在软物质研究中的简单应用 22
参文献 24
第 4 章 分子建模和模拟基础. 25
4.1 分子建模 26
4.2 分子模拟基本概念 28
4.3 蒙特卡罗方法.31
4.4 分子动力学模拟 38
4.5 简单的数据分析 42
4.6 分子模拟的基本 46
参文献 48
第 5 章 基本的优化技术 51
5.1 寻找局部优 52
5.2 寻找全局优 54
5.3 寻找优化路径 56
参文献 56
第 6 章 增强抽样与加速模拟57
6.1 概述 57
6.1.1 重要抽样 59
6.1.2 增强抽样方法概论 60
6.2 wang-landau 方法 64
6.2.1 基本 64
6.2.2 扩展应用 66
6.3 并行回火方法.66
6.3.1 基本 66
6.3.2 应用特征 67
6.4 metadynamics 方法.67
6.4.1 基本 67
6.4.2 扩展应用 68
6.5 广义正则系综模拟 68
6.5.1 基本 69
6.5.2 扩展应用 72
参文献 74
第 7 章 系综模拟及数据分析方法 81
7.1 系综模拟数据分析方法 81
7.1.1 加权直方图分析法 82
7.1.2 马尔可夫态模型法 83
7.2 重加权系综动力学算法 84
7.2.1 方法介绍 84
7.2.2 算法应用及讨论 90
7.2.3 重加权非衡系综动力学算法 95
7.2.4 小结 101
7.3 模拟数据分析方法 102
7.3.1 维数约化 102
7.3.2 聚类 105
7.4 轨迹映算法 105
7.4.1 方法介绍 105
7.4.2 算法应用及讨论 109
7.4.3 轨迹映用于增强采样 119
参文献 124
第 8 章 多尺度建模和模拟 129
8.1 粗粒化和多尺度模拟简介 129
8.1.1 粗粒化建模与模拟 129
8.1.2 多尺度建模与模拟 131
8.2 自适应驱动的非衡与多尺度模拟 134
8.2.1 自适应非衡模拟 134
8.2.2 自适应驱动的多尺度模拟 139
8.3 展望 145
参文献 146
索引 149
后记 151
内容简介：
软物质大多具有其物理质对分子结构和相互作用的微观细节非常敏感的特征，因此需要作连续介质设的解析方法对于软物质的理论研究作用有限，而可以刻画分子结构和相互作用的分子模拟方法成为软物质理论研究中必不可少的工具。本书针对软物质理论研究的特点，大致包括了三大部分内容：部分系统地介绍了分子建模和模拟的基本概念和方法，第二部分介绍了针对软物质分子模拟的技术和算法，第三部分简要介绍了分子模拟方法应用于纳米金属颗粒、离子液体、多肽自组装、蛋白质折叠等软物质研究的实例。
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